在科学史上，悖论是指一种奇特的推论，即在某一科学理论体系中，某些公理或定理看起来似乎无懈
悖论究竟是逻辑矛盾还是辩证矛盾呢？我国著名逻辑学家金岳霖先生认为，悖论是一种特殊的认识矛盾，它不同于普通的逻辑矛盾和辩证矛盾。他说，与逻辑学发生直接关系的自相矛盾，大都是站在一种逻辑学范围之中说站在那一种逻辑学范围之外的话所发生的情形。悖论虽然与逻辑学发生直接关系，但并不意味着逻辑学本身是自相矛盾的。尼采在《悲剧的诞生》中写道：“当科学之环变得更大时，它会在更多的地方碰到悖论。”美国哲学家普特南说：“确实如此！量子力学正是这种情形的一个漂亮的例证，当它的理解力增加后，同时将世界置于一个更充满悖论的境地。”
科学史告诉我们：20世纪是从无法取消的科学悖论开始的。现代科学技术的飞速发展像一柄双刃剑，既为创造人类幸福提供空前无限的能力，也使人类拥有可以毁灭地球上一切生命的力量。科学技术发展中的一些矛盾往往会以悖论的形式表现出来，而跨学科悖论的发现，恰恰是理论创新的起点，也是学科发展的生长点。悖论的解决，是深化和完善跨学科理论与方法的重要途径。其实，从1900年前后发现的罗素悖论等一系列集合论悖论，到1905年爱因斯坦澄清了他在16岁时发现的“追光悖论”――伽利略的相对性原理与光速不变原理之间存在的矛盾；从法国社会学家孔多塞和数学家博尔塔发现“投票悖论”，到1972年肯尼斯・阿罗获得诺贝尔经济学奖，再到1994年约翰・奈斯比特在其未来学著作中提出“全球化悖论”，悖论的连锁反应不仅对科学思维方式产生了深刻影响，而且对人类的生存和发展，对技术、生产乃至整个人类文明都产生了不可忽视的重大影响。
20世纪初以来，在科学的诸多领域包括人类认识活动的不同领域中，人们发现一种惊人的相似性：许多研究领域在不同程度上出现了悖论，许多学科受到悖论的挑战和困扰。在数学、逻辑学、物理学、语言学、生物学、哲学、经济学、文学、一般系统论、耗散结构理论等中都存在大量悖论性质的内容。这说明，悖论的发现并非某种偶然现象，也不局限于某一学科，而是广泛地出现在各个不同的学科领域。实际上，现代科学已经发展到对其理论基础进行深入探究的阶段，不同学科在不同层次、不同方面、不同程度上都涉及到对其特定的研究对象与人类思维辩证本性的探索和研究。而当科学理论发展到一定阶段，特别是深入到科学理论基础时，往往以悖论的形式折射出某些特定研究对象的辩证性质和人类思维的辩证本性。
科学发展史表明：当科学之环增大时，跨学科悖论与悖论的跨学科研究将同时被提到现代科学理论研究的前沿。当科学理论研究的范围扩大时，学科问题变得异常复杂，跨学科研究受到人们的重视。但随着科学研究的深入发展，跨学科研究面临着悖论的困扰，以至于不同学科之间难以进行充分的交流甚至存在空隙和裂痕。这就需要加强悖论的跨学科研究。
跨学科悖论是打开学科壁垒的突破口。它主要包括两种情况：一是指在某一背景知识条件下同一科学的不同研究领域或不同学科之间出现的悖论。值得指出的是，在两门以上的学科就同一问题发表意见时，虽然不同的专家学者有相对明确的论据，但由于其所持的价值观不同，看问题的立场、观点、方法有差异，以及在同一问题上的情趣迥异，因而得出的结论也相去甚远，甚至提出的政策建议存在明显的矛盾。一些案例表明：忽略科学假设是导致悖论的主要原因之一；夸大某一学科的范围，不注意其结论的限定性，往往会产生不同的答案，甚至导致互为悖论的政策建议。面对悖论问题，科学家们争执不休，将会使科学对政策的影响力进一步衰退。就学科发展而言，跨学科的悖论研究则为解决不同学科之间和某一学科内部的矛盾提供有益的方法。二是指跨学科理论或跨学科方法本身所提出的悖论。如美国学者克莱因在其著作《跨学科性――历史、理论和实践》中提出的关于学科的局限与跨学科为打破局限而必然出现的逻辑悖论；法国学者雷斯韦伯在《跨学科方法》一书中提出的关于跨学科方法悖论的出现打破了科学传统的统一体系，反对学科垄断，但同时又推进新的分化。实际上，悖论不仅向人们提出跨学科研究何以可能的问题，而且拓展了跨学科研究的视野。
