目前，我国经济社会进入改革与发展的关键时期，一方面,公共需求快速增加，对强化政府公共服务职能、完善公共服务体系提出了更高要求。另一方面，体制改革导致利益分化、社会主体多元化格局形成，协调利益关系任务加重，对公共服务公平性提出了更高要求。在这种形势下，我们要以科学发展观为指导，改革事业单位管理
第一，以强化政府公共服务为基础，明确政府与事业单位的基本关系。政事分开是事业单位改革的主线。经过20多年的体制改革，事业资源逐步由单一计划分配转向国家、市场、社会共同配置，公共服务由国家包办转向由公共部门、市场部门、社会部门共同供给，但政府依然在公共服务中发挥主导作用，而以直接组织即通过举办事业单位直接生产的形式向社会提供公共服务，是政府发挥主导作用的基本方式之一。事业单位管理体制改革应以强化政府公共服务职能为基础、完善公共服务体系为目标、决策与执行分开为切入点，理顺政事关系：政府是公共服务举办主体，事业单位是公共服务实施主体；政府的责任是以行政方式“保证公共服务被提供”，事业单位的职责是以技术性、服务性手段直接向社会提供公共服务。因此，政事分开不意味着政府事业职能的卸载，也不意味着将事业单位总体上从公共部门剥离出去，而是政府与事业单位以不同的方式承担公共服务职能。
第二，以明确公共服务的社会分工、组织形式为基础，推进事业单位社会化。事业单位社会化改革的核心任务就是合理划分政府、市场、非营利部门在公共服务提供与生产中的作用，完善多样化的公共服务组织形式，并积极引导事业单位进入社会。因此，推进事业单位社会化从社会层面分析，其内涵是在合理确定政府与市场、社会分工的基础上，有效发挥各种机制、各种组织在公共服务中的作用，实现公共服务多元化；从事业单位层面分析，社会化是强化事业单位与社会、与服务对象联系，促进事业单位进入社会系统，以社会、以服务对象需求为导向开展服务、获取资源，并通过社会化的服务获得自身的生存与发展。
第三，以清理现有事业单位职能为基础，实施分类改革。事业单位是计划经济体制下形成的我国特有的组织类型，在我们称之为事业单位的、庞大的组织体系中，包含形形色色、类型复杂、性质各异的组织，政事不分、事企不分现象严重，不同组织所包含的公共性、社会性，不同组织与市场、与政府结合程度有天壤之别。复杂化、多样化的组织，对于政事分开、社会化要求是复杂的、多样化的，一般性的原则必须具体化才能有效地发挥指导作用。因此，必须从事业单位职能、组织、运行方式等复杂性、多样化出发，将政事分开、社会化原则融入改革战略思考之中，实施分类改革。通过对现有事业单位范围内不同活动、不同组织的性质与特点的界定，清理单位职能，区分不同职能的性质并依据职能科学分类，通过分类改革逐步剥离非事业性单位、非事业性职能，进而纯化事业单位职能与机构，从而使之真正成为公共服务组织。同时，应从事业单位存量巨大、类型多样与经济转型长期性的现实出发，实施分类改革战略，既可一步到位，也可以采取分步分类的渐进式改革方式，即明确分类改革方向，初步实现机制转换，最终实现机构改制。
第四，以健全法人治理结构为基础，完善治理机制。传统体制下政府包办、管办不分、行政化的治理方式无法适应现代公共服务发展要求，在政事分开与社会化的条件下必须建立新的事业单位治理模式。一是建立健全事业单位法人制度，赋予事业单位独立法人地位，使之在业务运作方面获得较大自主权，保持机构的独立性。今后除少数直接为政府服务的事业单位外，包括教育、卫生、科学、文化等在内的绝大多数事业单位应成为具有独立法人地位、独立核算的法人型事业单位。二是完善法人治理结构。法人型事业单位应建立理事会制度，由行使所有者权利或行使政策制订者职能的政府部门所任命的理事会进行管理，理事会应由政府代表及职工、消费者等利益相关者代表组成；理事会作为事业单位的战略决策机构，对事业单位重大事项进行决策，包括决定管理者的任命和解职等，政府一般通过理事会政府代表、通过任命理事会成员等方式影响理事会的决策，而不再事无巨细干涉事业单位具体运作；同时明确理事会和管理层权责关系，形成良好的内部治理体系。
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