长期以来，科技工作和经济工作被人为分割为两个主体、两条战线，彼此独立运行、各成体系。表现为科技活动主体与经济活动主体相互分离，科技管理部门与经济管理部门相互牵制，科技运行机制与经济运行机制相互脱节，科技体制改革与经济体制改革相互独立。游离于经济活动之外的科技难以真正起到第一生产力的作用，也难以真正成为经济发展与结构调整的动力。王全书建议，国家应成立高层次的统领全国自主创新工作的决策机构，比如，成立由国务院各相关部门、民主党派和工商联以及社会团体参加的建设创新型国家战略指导委员会，统一领导经济和科技体制以及其他方面的改革，面向经济建设主战场，优化配置国有科技资源，扩大参与科技决策的民主基础，使不同主体能够在重大决策上有相应的话语权。要围绕我国支柱产业升级，实现国家重大产业创新专项，集中突破一批核心关键技术，完善科技工作与经济工作紧密结合机制。
王全书指出，近年来，科技界存在的一些急功近利和浮躁之风，其深层次原因在于政策导向和科技管理的体制、机制性障碍。目前，科技成果的评估一般都是科技部门或一组科技专家说了算，往往停留在理论上的论证，而不是实行社会回报、市场认同标准，大量成果没有实际价值，成为科技泡沫。科技成果评价体系对科研费用的使用效益和科技成果的转化效益不够重视，不少科技人员按“申报-研究-鉴定-归档”模式，为谋生、获奖和晋升而科研，缺乏推广科技成果的动力和压力，导致大量成果停留在样品、展品，甚至沦为废品。建议建立和完善以发明专利、成果成熟度、市场需求量和产业化前景为主的技术创新成果评价新体系，由独立的社会专业机构按照政府立法执行科技成果评价和奖励，并建立评价的监督制度，完善科技成果评估体制。
王全书表示，在发达的市场经济国家，科研成果产业化的转化率已达60-80%，我国则不足16%，重论文、轻专利，重研发、轻转化的倾向相当普遍。我国一半多科技成果是靠科技人员自己洽谈和实施转化的，通过中介服务机构实现科技成果转化的比例很低。科技成果转化服务体系不健全，科技成果找不到需求方，需求方又找不到合适的成果，企业产品开发中遇到的技术难题找不到合适的科技人才来及时破解。建议尽快建立和完善技术咨询、技术转让等社会化服务体系，推动新技术专利、品牌的转让。加快制定鼓励科技中介组织发展的相关政策措施，支持社会力量创办科技中介服务机构。加强培训和交流，扩大技术经纪人队伍，进一步活跃技术市场。建立产权激励机制，使科技人员的科技成果和知识变成可以投资的资本，完善技术转移和成果转化机制。
王全书建议，科研机构改革不是简单地转化为企业或进入企业，而应根据行业技术经济特征和产业组织特点，分类重组科研机构，依托“产学研联盟”，优化科技资源配置，在产学研之间，以技术或资本为纽带，开展联合开发、技术转让、技术交流、人才培训、共建研发机构等多种形式的合作。建议在战略性和公共性较强的行业，建立国家级和省级产业技术研发机构，以加强产业基础和共性技术的研究。对一些企业比较分散、规模不大的行业，应充分发挥行业性或区域性科研机构的作用，吸收相关中小企业参与，组成行业性技术中心或联合体，为中小企业服务。在政策上应鼓励发展集筹资、研发、技术扩散为一体的专业技术公司，完善科研机构重组机制。
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