首都机场T3航站楼面积确实很大，国际航班办理登机牌和行李托运手序在C楼，旅客登机却在E楼，而且值机大厅是开放式的。海关的进出境通关流程也随之有所改变。旅客进出境一定要留意新变化，留下足够的时间办理手续和在各楼各层之间穿行，否则会影响正常行程。
情况一：如果行李中有需要
申报物品
海关提醒：必须办完申报手续再托运
记者在T3航站楼四层出发大厅看到，这里从东到西的11个值机岛中A-G的7个岛是办理国际航班登机手续的，在D岛和E岛之间，有一个竖立着蓝底金字“中国海关”背景牌的海关申报柜台。
首都机场海关副关长兼旅检处处长孙铭辉告诉记者，如果旅客出境时托运行李里有需要申报或办理其他海关手续的货物或物品，必须先到这里办理申报手续，完成海关手续后再去办理行李托运手续。因为按照规定，海关要对旅客的申报物品与申报单内容一一核实，如果旅客先行将物品托运，再去办理海关手续，此时旅客的行李已经被送入机场行李传送系统，海关将无法核对旅客的物品。这一点是与以往的海关申报截然不同的。
同时，手提行李内有需申报货物或物品的旅客，应先填写海关申报单，在T3的E楼通过安检后，选择申报通道（红色通道）通关，并在海关申报柜台办理申报手续。无需申报物品的旅客可直接选择无申报通道（绿色通道）通关。
情况二：在安检时被提示需开箱检查托运行李
海关提醒：请及时到海关现场办理相应手续
孙铭辉说，出境旅客在进行人身安检时要特别注意提示，因为如果托运行李需要海关开箱检查，旅客会在通过安检部门时得到相应的提示。
由于T3航站楼采用开放式值机大厅，海关对旅客托运行李的监管是利用五级安检系统进行布控查验的。行李布控是在旅客托运行李后进行的。对确认需要开箱检查的行李，行李系统会将该件行李自动分拣至海关开箱查验间，在海关实施检查后，行李才能配载装机。
海关特别提示旅客，接到安检部门的提示后，务必按要求及时到海关现场办理相应手续。否则将会影响正常登机或造成行李无法装运。
情况三：有扣留物品需要跨楼（2号和T3）退运出境
海关提醒：要提前一个工作日办理相关海关手续
首都机场海关旅检处杨波科长说，一些旅客在进境时携带了需要交税或不准带入但可以带回的物品，可以在海关办理退运出境的手续，暂存机场海关，在离境时提取带走。
由于首都国际机场T2、T3航站楼双楼运行国际航班，如果旅客出境时乘机航站楼与原来入境时的航站楼不同，为确保旅客能顺利办理退运物品的提取手续，旅客一定要在出境前1个工作日与海关相关部门传真或电话联系，告知海关其《海关代保管/扣留物品凭单》编号、物品所有人姓名、出境航班号、出境时间及出境乘机航站楼。以便海关将要提取的物品提前运至旅客出境的航站楼，保证旅客能将有关物品顺利复带出境。
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