中美合作所成立后，还建立起了若干为美国海、空军提供气象情报的气象工作站、观测哨等，这些气象情报在美军对太平洋上日占岛屿展开逐岛进攻和轰炸日本本土的军事行动中，起了重要作用。此外，为在短期内训练出一支5到10万人的武装游击部队对日作战，中美合作所还陆续在四川、湖南、河南等地建立了训练班。除去军事行动外，中美合作所还进行了一些对日心理战、经济战方面的工作。
抗日战争胜利后的1946年1月，中美合作所正式宣告结束。不过，因为中美合作所的中方负责人是特务头子戴笠，美方副主任梅乐斯又竭力介入中国国、共两党冲突的内政，再加上该所训练的作战人员、警察和特工，以及武器与设备器材，后来都被国民党当局用到了反共内战中，因此，该所便有了一个“扶蒋反共”的恶名。
尤其是在中美合作所撤销之后，在其原址及其附近的白公馆、渣滓洞监狱发生了监禁、虐待和屠杀政治犯的罪行。因此，长期以来，中美合作所被认为是这两座监狱之上的总名称。其实，中美合作所与白公馆、渣滓洞监狱并不是一回事。当中美合作所建立时，白公馆看守所奉命将人犯迁往渣滓洞，白公馆房屋则让给美方人员作为住所。直到抗战胜利后中美合作所撤销，白公馆才又恢复关押政治犯的职能。而渣滓洞监狱，原是因白公馆看守所人满为患而增设。邓又平先生在《简析“中美合作所集中营”》文中列举了他的一个调查统计结果，发现对政治犯的屠杀，全都发生于中美合作所撤销之后。（《炎黄春秋》2002年第10期）
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