●伪科学与反科学常常结合在一起，但是，这两者并没有逻辑上简单的必然联系。人们可以持反科学的见解，但并不搞伪科学。同样，人们可以搞伪科学，但并不“反”科学。
●什么叫反科学(anti－science)？就字面意义而言，“反”就是“反对”之意，“反科学”就是“反对科学”，包括反对科学的研究、科学的主张、科学的解释、科学的方法、科学的应用等等。
●科学共同体内部的某A反对科学共同体内部的某B，B能否指责A是反科学(或者倒过来)？如果在科学共同体内部，某A单枪匹马，与共同体主流学者的科学见解相左，他们交锋的结果有可能是，A被贴上“反科学”的标记。这只是有可能，通常的情况只是A的观点不被认可而已。如果其中的一方来自科学共同体以外，比如他(她)是一位江湖人士，如沈昌“大师”，当他的观点与主流科学界的看法相冲突时，或者当他对当代科学表现出极大的不信任时，他有可能被指责为“反科学”。同情沈昌观点的、给出稍稍不同表述的，算不算反科学？如果都可以算的话，与沈昌为伍的科学家，包括大学者，在其中的角色是怎样的？一个科学家同时也可以是伪科学家或者反科学家吗？有多种回答。从科学社会学角度可以说，科学家，包括大科学家可以同时是伪科学家(如华莱士、里歇、克鲁克斯、约瑟夫孙)，也同时可以是反科学家。
●如果说沈昌现象比较特殊，不能代表科学以外的共同体，我们换成与“索卡尔／《社会文本》事件”有关的人文学者，或者其他后现代学者、激进女性主义者、激进的SSK学者，他们对当代强大的科学的不信任和批判是否算作反科学呢？
在“科学大战”(science wars)中，“反科学”似乎是一个贬义词，是什么原因使它成为一个贬义词呢？是否还有“反人文”的说法？某些科学家是否存在“反人文”或者无视人文的倾向？更大的问题是，科学工作者是否在科学立项和具体科学研究中考虑外部约束，如伦理问题；是否按照联合国教科文组织(UNESCO)的《科学与利用科学知识宣言》(1999)所述的原则行事？如果科学工作者不那样做，他们是否是“反人文”呢？
●如果有人声称科学是万能的或者潜在万能的，那么反对这种观点的，应当叫作“反对科学主义”。许多人敢于明确说，他就赞成这种“反对科学主义”。在这里，“反对科学主义”是个中性词或者褒义词。“反科学”、“反科学主义”和“反对科学主义”是不同的概念，在现实中把它们简称为“反科学”是不够准确的。“反对科学主义”未必蕴含“反科学”。许多科学家和人文学者赞成尽可能发展和使用科学，但反对用它处理一切事务。“反科学主义”则有两种解释：“反对科学＋主义”(anti－science＋ism)；“反对＋科学主义”(anti－scientism)。前者近似于“反科学”，后者则近似于“反对科学主义”。
●许多非西方文化都接纳了近代科学，但并非接受了与科学有关的一切，特别是“科学”的自然观和世界观。
●如果不算曲解的话，“反科学”还有另外一种含义：“反思科学”(reflecting on science)，这是哲学工作者或者其他人文学者要做的事情。显然，不能将这种反思科学的努力当成一种单纯破坏性的消极因素加以指责。按康德和黑格尔的认识论，人之认识有感性、知性与理性三个不同层面。百姓的常识对应于感性认识；近代经验科学的探索对应于知性认识；除此之外还有更高一层的理性认识，一种辩证反思的活动。与其他文化相比，科学无疑具有更大的解释力和对世界的操控能力。霍根是这样精辟分析费耶阿本德的反科学的：“费耶阿本德之所以抨击科学，不是因为他真的相信科学与占星术一样无法拥有真理；恰恰相反，他抨击科学是因为他认识到了科学的威力，并对此深怀恐惧；他反对科学的必然性，更多的是出于道德和政治的原因，而不是出于认识论的原因。”
●真正的“反对科学”是如何可能的？为何只有很少的人公开承认自己是“反对科学”的？“反对科学”直接就蕴含着矛盾吗？持“反对科学”观点者就应当受到歧视、或受到优待吗？应当承认，全面回答这些问题很难。
●胡适1923年底说过：“欧洲的科学已到了根深蒂固的地位，不怕玄学鬼来攻击了。几个反动的哲学家，平素饱餍了科学的滋味，偶尔对科学发几句牢骚话，就像富贵人家吃厌了鱼肉，常想尝尝咸菜豆腐的风味：这种反动并没有什么大危险。那光焰万丈的科学，决不是这几个玄学鬼摇撼得动的。一到中国，便不同了。”胡适的观点是中国没有资格玩“反科学”。胡适的话过去快八十年了，仍然基本上正确，准确概括了中国的国情。不过，这半个多世纪中，中国发生了巨大的变化，科学技术一点一点壮大，中学和高等院校有了更多的科学与工程教育，特别是在“科教兴国”的旗帜下科学技术成了主流话语。这与胡适当年的社会语境有很大差别。那时候的鬼神、迷信大概还不会打着科学的旗号，而现在的“水变油”、长生不老丹、美容养颜霜无不贴着科学的标签或者声称比科学还科学。虽说科学文化并未在中国真正扎根，但人人都知道“科学”两字是可以利用的，一旦贴上“科学”的标签，任何东西都仿佛借上了佛光、神力。
●不能够赞成通常意指的那种“反科学”，中国非常需要科学和科学文化。但也不能未加分析就批判“反科学”，中国非常需要宽容和理解，保持思想多样性和观念的张力有好处。我们要当心的是，仅仅打倒那种最粗俗的、一看就错的“反科学”，然后就坦然地宣布所有含有“反”“科”“学”三个字的东西都已经通过严格的论证有效地批驳了，如果有谁胆敢声称这三个字，就是人民之公敌。
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