吸引了全球众多的科学家、哲学家和人文学者介入的“科学大战”实质上是两种文化的冲突在新的历史条件下的再现，具体表现为实在论—理性主义与社会—历史主义之争。
实在论—理性主义：(1)科学是进步的事业，这种进步特征表现在增强了预言和介入自然的能力；(2)这些增强的预言和介入能力使我们能够正确地声称：科学研究中的对象是独立于我们关于它们的理论而存在的；(3)我们的理论是容易受证伪的检验，我们有权声称我们对自然的表达是近似地正确；(4)科学建立在观察与实验的基础上，争论是依靠理性与证据的标准来解决的；(5)随着我们进一步把握理解自然的方法，这些理性与证据的标准也就随之而进步了。
社会—历史主义：(1)科学是人类所从事的事业，即由生活在带有复杂社会结构和长期历史中的，认识上有局限的生物所从事的事业。(2)没有科学家所属民族的先前历史所塑造的范畴和偏见，科学家就不能够进入实验室或研究领域。(3)科学的社会结构会影响研究的传授或接受方式，这一方面可能会对理论的内部论战有着重要的影响。(4)科学所属的社会结构决定着那些被认为是最有意义的问题，并且常常会影响着所提出的答案及其被接受的程度。
二十世纪六十年代前，实在论—理性主义占统治地位，其主要代表为逻辑实证主义。逻辑实证主义把科学家看作是与世隔绝，逻辑上无所不能的动物，其工作的性质只是由出现在实验室中的研究来决定。自从二十世纪七十年代以来，历史主义出现后，科学研究已经从逻辑实证主义的象牙塔走向生活，这是一种进步。然而科学元勘的后现代研究常常从整体上忽略实在论—理性主义传统，认为除非向实验室中科学家叙述各种各样阶级、政治利益、性别或宗教的故事，否则他们无法从事研究活动。也就是说，各种各样的政治利益、种族偏见、性别特征、科学家个人的权力，甚至雄辩口才决定着科学家的研究工作，决定着科学工作的问题、观察与实验，甚至科学工作的成果。结果，科学被表述为一场永不停息的残酷斗争，在科学共同体中占统治地位的领袖借助于财富、地位和狡诈，笼络了大量的亲信为自己的政治意识形态、权力和地位服务。后现代科学元勘已经广泛运用这一过程来解释牛顿科学、天体力学、麦克斯韦方程组、元素周期表、遗传密码、代数拓扑、量子力学等的诞生。在其中，经验证据并不代表对自然的反映，而是被视为一种疯狂权力的代表。
因此，正是对社会—历史主义的过度强调引发了这场“科学大战”。
这种过度强调根源于社会—历史主义的四个教条：(1)观察的理论导向；(2)证据不能确定理论的真理性；(3)信念的多样性；(4)认识主体建构认识客体的理论。这四个教条使他们声称我们在自然中发现的只不过是我们带给自然的东西，这一世界——或至少我们能够谈论的惟一的有意义的世界——是我们“塑造”或“建构”的，因此，它将服从于我们的先验的范畴。特别是对(1)和(2)的夸张导致了一种“对任何事物都无法做出判断”的世界范围内的怀疑论。这四个教条被戏剧性地夸张到这样的程度，以致于它们产生出科学元勘的后现代研究中的四个荒谬的结论：(1)科学真理是科学共同体协商和默契的结果，而不是对自然的认识，特别是在确定自然真理问题上，自然没有或只有很小的作用，因为科学事实本质上是一种权力的建构；(2)理性和实在不会限制任何信念系统，没有任何信念系统具有特权；(3)应该一视同仁地解释真理与虚假；(4)荣誉必须赋予“建构主体”。这些结论的后果是：科学、理性、真理、进步等认识论规范应该让位于雄辩的口才，让位于权威与权力，因而导致了科学与意识形态、科学与迷信、事实与错误、知识与信念的混淆，最后得出费耶阿本德式的结论：在科学地位上，占星术与天文学、巫术与医学、燃素学说与氧化学说之间，并不存在着本质的区别。
从社会学的角度来研究科学并没有什么过错。科学作为人类的一种活动，像其他的一切人类活动一样，其价值应该有社会学的分析维度。科学争论中，如理论的选择与评价标准、实验的设计等就包含着某些社会因素，如文化传统或大众的文化心理，而这些来自于科学家所依赖的历史与文化传统的沉淀。“科学大战”揭示出许多科学家与社会学家共同合作才能够解决的课题。但后现代科学元勘必须放弃其错误的认识论与方法论，进行严肃而认真的细节性工作。在这种研究中我们不应该用知识的社会学、政治学来代替或混淆知识的认识论与方法论的研究，而要把两者有机地结合起来。
事实上，目前最富有挑战性的任务是如何协调科学研究的“内部”因素与“外部”因素的问题。这里涉及到两组重要课题。第一组涉及到科学实践与广泛的社会价值之间的联系；第二组涉及到社会关系与各种科学的理论结构之间的关系。什么样的价值判断进入到科学决定的过程中？准确地问，它们是在什么地方进入的？在什么地方进入基金的机构？进入设计研究的阶段？在哪一阶段上，研究正在被设计？什么时候这些结论被传播？或者说，认识论价值和其他社会—历史因素之间是否存在着结合的可能？如果有，我们如何解决这一结合？诸如荣誉，附属关系，对基金的竞争，对大规模计划的合作要求之类现象是如何影响科学问题的研究及其成果的评价？什么是当代科学研究的社会制度，它们能够有效地促进科学的发展吗？十分明显，实在论—理性主义与社会历史问题总是相互渗透的，很难设想把它们分开来进行回答。
另外，后现代科学元勘对科学的探索常常相当含糊(甚至于误解)，对科学工作的具体结论，采用隐喻和修饰的手法，引入各种稀奇古怪的术语、玩弄语言游戏，其中充满着对科学知识的误解，对高中学生通常都能理解的科学内容表现出惊人程度的无知(这种失误常常伴随着对科学狂热的攻击)。这种失误表现在许多著名学者如后现代大师德里达、拉康、利奥塔、德勒兹、瓜塔里、克里斯蒂娃及科学元勘的重量级人物拉脱尔、柯林斯、麦茜特、朗基萝和夏平等身上。这种做法很容易引起科学家的愤怒，由此引发了格罗斯、莱维特、索卡尔、沃尔珀特等人就他们对科学的无知而进行的某些合理的批判。
总之，从认识论的角度来看，“科学大战”是后现代科学元勘以科学研究的“社会维度”来代替科学研究的“自然维度”的结果。正如索卡尔所指出的那样：“我的目的是保卫我称之为科学的世界观这样的东西，这种科学的世界观在广泛的意义上定义为一种对证据和逻辑的关注，和不断地把理论与现实进行对照。……对我来说，真理、理性和客观性是我们必须要辩护的价值，而无论从什么样的政治观点来看，真理、理性与客观性是至关重要的，没有它们，我们就会失去我们的批判力量。”(Anna Sokal “Truth? Objectivity? and the Left”,in Economic and Political Week(Bombay)August 20,1997,p.2614)
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